虽然传统磷化工艺技术成熟、防锈效果好、成本也很低，但是，因为目前环保法规的要求越来越严，其本身存在的缺点也是显而易见和致命的。

• 废水处理费用高：磷化液中含有P、Ni、Mn等离子，按照国家法律法规要求，需要完全满足国家水质排放标准才可以进入城市管网系统。工厂含重金属废水中95%以上来源于磷化，每年的污水处理费用都是一笔不小的开支。
• 磷化渣：磷化渣的生成，容易造成车身表面颗粒较多，影响电泳漆膜品质。同时，磷化渣需要委托有一定资质的公司处理，其委托处理费用也是比较大的。